| Zeitraum | Name |
|---|---|
| 1469 – 1479 | Leo von Spaur, erster erwählter Bischof von Wien |
| 1480 – 1482 | Johann Beckensloer, Aministrator |
| 1482 – 1487 | Bernhard von Rohr, Administrator |
| 1488 – 1490 | Urban Doczi, Administrator |
| 1490 – 1493 | Mathias Scheidt, Administrator |
| 1493 – 1499 | Johann Vitez, Administrator |
| 1500 – 1504 | Bernhard von Pollheim |
| 1504 – 1509 | Franz Bakocz |
| 1509 – 1513 | Johannes Gosztonyi |
| 1513 – 1522 | Georg von Slatkonja, erster Residentialbischof |
| 1522 – 1523 | Petrus Bonomo, Administrator |
| 1523 – 1530 | Johann von Revellis |
| 1530 – 1541 | Johann Fabri |
| 1541 – 1552 | Friedrich Nausea |
| 1552 – 1553 | Christoph Wertwein |
| 1554 – 1555 | Hl. Petrus Canisius, Administrator und Domprediger |
| 1558 – 1563 | Anton Brus |
| 1563 – 1568 | Urban Sagstetter, Administrator |
| 1568 – 1574 | Vakanz, Administratur durch die Generalvikare |
| 1574 – 1594 | Johann Caspar Neubeck |
| 1595 – 1598 | Vakatur, Administration durch Domherren und Bürgermeister |
| 1598 – 1630 | Kardinal Melchior Khlesl, erster Kardinal in Wien |
| 1631 – 1639 | Anton Wolfradt, erster Fürstbischof von Wien |
| 1639 – 1669 | Philipp Friedrich Graf Breuner, Erbauer des barocken Hochaltars von St. Stephan |
| 1669 – 1680 | Wilderich Freiherr von Waldendorff |
| 1681 – 1685 | Emerich Sinelli |
| 1685 – 1702 | Ernst Graf von Trautson |
| 1702 – 1705 | Franz Anton Graf von Harrach |
| 1706 – 1716 | Franz Ferdinand Freiherr von Rummel |
| 1716 – 1751 | Kardinal Sigismund Graf von Kollonitsch, erster Erzbischof von Wien |
| 1751 – 1757 | Kardinal Johann Joseph Graf von Trautson |
| 1757 – 1803 | Kardinal Christoph Anton Graf Migazzi |
| 1803 – 1820 | Sigismund Anton Graf von Hohenwart |
| 1820 – 1822 | Vakatur |
| 1822 – 1831 | Leopold Maximilian Graf zu Firmian |
| 1832 – 1853 | Vincenz Eduard Milde |
| 1853 – 1875 | Kardinal Joseph Othmar Ritter von Rauscher |
| 1876 – 1881 | Kardinal Johann Baptist Rudolf Kutschker |
| 1881 – 1889 | Kardinal Coelestin Joseph Ganglbauer |
| 1890 – 1911 | Kardinal Anton Josef Gruscha |
| 1911 – 1913 | Kardinal Franz Xaver Nagl |
| 1913 – 1932 | Kardinal Friedrich Gustav Piffl, letzter Fürsterzbischof von Wien |
| 1932 – 1955 | Kardinal Dr. Theodor Innitzer, Wiedererbauer des Stephansdomes |
| 1956 - 1985 | Kardinal Dr. Franz König |
| 1985 – 1995 | Kardinal Dr. Hans Hermann Groer († 2003) |
| seit 1995 | Kardinal Dr. Christoph Schönborn |
Domarchiv St. Stephan, September 2018